TotalSeq^TM-B和TotalSeq^TM-C告訴你

即便是雙胞胎

也可以保持迥異風(fēng)格

第二代高通量單細胞測序是將單個細胞中微量的轉(zhuǎn)錄組mRNA通過高效擴增后再進行高通量測序的技術(shù)。10X Genomics公司作為單細胞測序領(lǐng)域的黑馬，采用基于微流控技術(shù)的單細胞系統(tǒng)，可實現(xiàn)對細胞群體的劃分與細胞群體間基因表達差異的檢測，是適用于多種研究的黃金方法。而蛋白質(zhì)，作為生命功能的執(zhí)行者，其含量的變化在生物體的生長、應(yīng)激、疾病發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要的功能。但蛋白組水平的研究卻遠遠低于轉(zhuǎn)錄組水平的研究，為此，BioLegend公司推出了TotalSeq^TM系列產(chǎn)品。該產(chǎn)品可以通過高通量測序來分析單細胞水平的蛋白表達，在得到RNA信息的同時，也可以獲得蛋白的信息，近期TotalSeq^TM家族又添了新成員。

BioLegend公司在持續(xù)推出寡核苷酸偶聯(lián)抗體，近期推出了TotalSeq^TM-B和TotalSeq^TM-C產(chǎn)品。TotalSeq^TM-B是與10X Genomics公司最新的Feature Barcoding技術(shù)的Single Cell Gene Expression (3’ v3)相兼容，而TotalSeq^TM-C抗體是與Feature Barcoding技術(shù)的Single Cell ImmuneProfiling (5’)相兼容。 TotalSeq^TM-B和TotalSeq^TM-C抗體不需要購買其它的試劑即可適用于10XGenomics公司的Feature Barcoding工作流程，可用更簡單的實驗滿足您對基因表達和免疫分型進行同時分析的要求。而原有的TotalSeq^TM-A抗體則適用于任何poly-dT寡核苷酸結(jié)尾的儀器及試劑盒，如10x Genomics Chromium v2和v3試劑盒，此時必須額外購買用于制備ADT文庫的試劑，另外還有Bio-Rad ddSeq, Fluidigm C1, Celsee Genesis, Drop-seq等其它儀器。

*注：N表示隨機選擇A, C, G或者T。所有Totalseq?-B、C和NYGC抗體都與10X基因組方案相兼容。符號*表示磷酸硫鍵，以防止核酸酶降解。

寡核苷酸序列由以下幾部分組成，PCR引物，特異性標簽序列（即特異性Barcode）以及Capture序列。Totalseq?-A、B、C如下：

TotalSeq^TM-A

TotalSeq^TM-B

TotalSeq^TM-C

Totalseq?操作流程如下：

• 用Totalseq?抗體標記細胞；
• 在單細胞平臺中連同Antibody-Derived Tags(ADT, 寡核苷酸偶聯(lián)抗體)擴增；
• 將ADT-derivedcDNA 與mRNA-derived cDNA分開；
• 測序文庫構(gòu)建；
• 測序。

除Totalseq?-A、B、C系列產(chǎn)品，可以使用戶同時得到轉(zhuǎn)錄組信息和免疫表型信息，其中獨特的Cell Hashing抗體還可以幫助用戶實現(xiàn)多重樣本的檢測。即通過一個泛指標（人的樣本中使用的是CD298和β2 microglobulin，而小鼠的樣本中使用的是CD45以及H-2 MHC class Ⅰ），給每份樣本分別加上特定的Barcode標記，因此，多份樣本在單細胞測序的環(huán)節(jié)可合成一個樣本進行檢測，在后期分析的時候又能通過特定barcode的序列特異性將每份樣本分開，從而節(jié)約單細胞測序的成本。Cell Hashtag包含了不同于經(jīng)典Totalseq?系列產(chǎn)品的擴增handle，使得Hashtag、免疫表型、mRNA文庫可以獨立的進行擴增和聚集，可以直接使用。

使用Totalseq?抗體，可以同步檢測mRNA和蛋白質(zhì)的表達量并進行聯(lián)合分析，我們可以同時產(chǎn)生多重數(shù)據(jù)，降低實驗的假陰性，并且可以增強細胞類型的識別。從而可以實現(xiàn)mRNA和蛋白質(zhì)的互補和整合，全面闡釋生物基因表達調(diào)控機制，對生物體疾病和應(yīng)激機理進行分方位的分析，促進了生物醫(yī)學(xué)的快速發(fā)展。

主要做單細胞測序需要知道幾個內(nèi)容：

• 產(chǎn)品說明書，這個根據(jù)采購的貨號來尋找；
• Protocol （https://www.biolegend.com/protocols/cell-hashing-and-single-cell-proteogenomics-protocol-using-totalseq-antibodies/5009/）；
• 參考文獻：CITEseq(https://www.nature.com/articles/nmeth.4380),REAPseq (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28854175),cellhashing(https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1603-1);
• NYGC參考網(wǎng)站(https://cite-seq.com/)，包含數(shù)據(jù)分析的資源；
• 10X網(wǎng)站（https://www.10xgenomics.com/product-list/#single-cell），用來確認是否把Totalseq抗體需要的試劑配齊。